A APIFARMA é filiada em diversas entidades, nacionais e internacionais, que prosseguem os seus objectivos estatutários.
Nacionais

A
CIP - Confederação Empresarial de Portugal é
uma estrutura patronal que defende os interesses de todas as empresas portuguesas, albergando, de uma forma transversal e equilibrada, entidades associativas sectoriais e regionais, bem como todas as Câmaras de Comércio e Indústria de Portugal.

A
AIP/CCI - Associação Industrial Portuguesa/Câmara de Comércio e Indústria é uma associação empresarial que existe desde 1837.

O
ARBITRARE, criado em 2009, é o Centro de Arbitragem para a propriedade industrial, nomes de domínio, firmas e denominações.

A
APES - Associação Portuguesa de Economia da Saúde dedica-se a matérias e métodos aplicados no domínio da Economia da Saúde e pretende promover o estudo, discussão e divulgação da Economia da Saúde em Portugal.
Internacionais

A IFPMA é a
Federação Internacional da Indústria Farmacêutica e Associações. Está sediada em Genéve, na Suiça, e representa as empresas da Indústria Farmacêutica que fazem Investigação e Desenvolvimento, incluindo as áreas das vacinas e biotecnologia, e que operam em todo o mundo.

A EFPIA é a
Federação Europeia da Indústria Farmacêutica e Associações.
Está sediada em Bruxelas, na Bélgica, e representa as empresas da Indústria Farmacêutica que operam na Europa.

A AESGP é a
Associação Europeia dos Medicamentos de Venda Livre. Está sediada em Bruxelas, na Bélgica, e representa as empresas europeias de automedicação.
Medtech Europe é a Associação Europeia das empresas de Diagnósticos. Está sediada em Bruxelas, na Bélgica, e representa as empresas europeias produtoras de diagnósticos
in vitro.