As vacinas produzidas nos países desenvolvidos são cada vez mais seguras. O fabrico de vacinas respeita normas internacionais que dão garantia de segurança e boa tolerância.
A capacidade protectora das vacinas é objecto de I&D antes destas serem colocadas no mercado. A vacina é testada num grupo de animais não-humanos susceptíveis ao agente infeccioso e o seu efeito protector é estudado, por comparação com um grupo de animais não vacinados, quando os dois grupos são expostos ao agente. Este tipo de estudos permite estudar a dose mínima capaz de induzir protecção e de normalizar a composição da vacina. Numa fase mais avançada, a vacina é também testada em voluntários humanos. Investiga-se a resposta imune (anticorpos produzidos e sua titulação) e as variações individuais na resposta à vacina.
A eficácia duma vacina depende desta ser correctamente transportada, armazenada e administrada. Os prazos de validade devem ser respeitados, as vacinas devem ser transportadas e armazenadas entre os 0º e 8ºC, bem como ser protegidas da luz solar.