Na actividade da APIFARMA existem áreas, pela sua especificidade, são tratadas no âmbito de Comissões Especializadas: Biotecnologia, Diagnóstico in vitro, Medicamentos Não Sujeitos a Receita Médica e Vacinas.
As Comissões Especializadas têm como objectivo estudar e preparar a tomada de posições sobre as diferentes áreas de intervenção em que operam.
Os estatutos da APIFARMA permitem ainda a criação, sempre que tal se justifique, de outras comissões especializadas para acompanhar assuntos de especial relevância para o sector.