Na actividade da APIFARMA sete grandes áreas, pela sua especificidade, são tratadas no âmbito de Comissões Especializadas: Biotecnologia, Diagnóstico in vitro, MNSRM ou Venda Livre, Produção e Exportação, Saúde Animal, e Vacinas.

As Comissões Especializadas têm como objectivo estudar e preparar a tomada de posições sobre as diferentes áreas de intervenção em que operam.

Os estatutos da APIFARMA permitem ainda a criação, sempre que tal se justifique, de outras comissões especializadas para acompanhar assuntos de especial relevância para o sector.