Em 1983, a APIFARMA instituiu o Código Deontológico das Práticas de Comercialização de Produtos Farmacêuticos, tornando-se a primeira associação empresarial portuguesa a regulamentar as actividades dos seus associados. Este diploma resulta da fusão e adaptação à realidade nacional de todo o conteúdo do Código da Federação Internacional das Associações da Indústria Farmacêutica (IFPMA). As regras consagradas pelo Código Deontológico foram livremente discutidas e aceites, aplicando-se a todas as empresas associadas da Apifarma.


Na sequência deste trabalho foi celebrado um protocolo entre a Ordem dos Médicos e a APIFARMA, com o objectivo de promover a inovação e a melhoria da terapêutica medicamentosa. Este protocolo foi elevado à categoria de Declaração de Princípios e vigora desde 1997, tendo sido revisto e alargado em 1999. Em 1992 foi igualmente instituído o Código Deontológico das Práticas de Comercialização dos Produtos Farmacêuticos de Saúde Animal, que tem como base o Código Deontológico da Federação Europeia de Saúde Animal (FEDESA).